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    推進(jìn)“神秘”水的描述 以改善藥物設(shè)計(jì)

    導(dǎo)讀 與水的相互作用決定了藥物分子如何與靶標(biāo)結(jié)合,但是對(duì)這些相互作用建模很困難,限制了藥物設(shè)計(jì)的準(zhǔn)確性。在AIP出版社的化學(xué)物理學(xué)報(bào)最

    與水的相互作用決定了藥物分子如何與靶標(biāo)結(jié)合,但是對(duì)這些相互作用建模很困難,限制了藥物設(shè)計(jì)的準(zhǔn)確性。在AIP出版社的“化學(xué)物理學(xué)報(bào)”最近的一篇論文中,來自加州理工學(xué)院的William A. Goddard III和Saber Naserifar描述了他們建立水的新描述(稱為力場(chǎng))的新方法并展示了它準(zhǔn)確性。

    化學(xué)和應(yīng)用物理學(xué)教授戈達(dá)德對(duì)結(jié)果感到“驚訝”。“我們得到的描述幾乎適合所有水的屬性,令人難以置信的準(zhǔn)確,遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于以往任何力場(chǎng),”他說。

    量子力學(xué)只能準(zhǔn)確描述小型系統(tǒng),因此我們對(duì)液態(tài)水的理解依賴于使用力場(chǎng)的模擬。盡管經(jīng)過數(shù)十年的努力,目前的力場(chǎng)并未同時(shí)描述水的所有屬性。“一個(gè)力場(chǎng)可能會(huì)給出正確的密度和水的蒸發(fā),但可能與熔點(diǎn)相差100度,”戈達(dá)德說。“這聽起來很糟糕,但這都是我們所擁有的。”

    這些不完整的模型限制了藥物設(shè)計(jì),限制了我們對(duì)工業(yè)溶劑反應(yīng)的理解,促使科學(xué)家們研究一些水的異常特征。例如,有人提出,當(dāng)水過冷到低溫時(shí),它可能同時(shí)存在高密度和低密度液體,如果有足夠的水力場(chǎng)可以理解得更好。

    與以前的力場(chǎng)不同,戈達(dá)德和Naserifar專注于模擬水的個(gè)體相互作用。工作“向后”,他們首先考慮長距離相互作用,然后增加電荷和極化動(dòng)力學(xué)。戈達(dá)德說:“以前的力場(chǎng)不允許收費(fèi),這是一個(gè)重要的進(jìn)步。”此外,對(duì)于強(qiáng)氫鍵,該團(tuán)隊(duì)利用最近發(fā)布的,高度準(zhǔn)確的水二聚體計(jì)算。

    “我們單獨(dú)使用高質(zhì)量的量子力學(xué)來進(jìn)行每次相互作用 - 遠(yuǎn)程,短程,氫鍵,極化 - 將它們放在一起,進(jìn)行測(cè)試,發(fā)現(xiàn)它非常準(zhǔn)確,”戈達(dá)德說。“預(yù)測(cè)0.2開爾文內(nèi)液體的熔點(diǎn)......這是聞所未聞的!”

    他們的新力場(chǎng)僅在一個(gè)屬性上失敗:計(jì)算粒子擴(kuò)散的速度或擴(kuò)散常數(shù)。Goddard和Naserifar對(duì)這種不規(guī)則性感到“困惑”,但仍對(duì)他們的力場(chǎng)取得的成就感到興奮。他們熱衷于用它來研究水的異常性質(zhì),看看它是否能提高藥物設(shè)計(jì)的準(zhǔn)確性。

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